Програма курсу для студентів магістрів І року навчання спеціальності 070404



Скачати 70.43 Kb.
Дата конвертації29.12.2016
Розмір70.43 Kb.
КИЇВСЬКИЙ НАЦІОНАЛЬНИЙ УНІВЕРСИТЕТ

ІМЕНІ ТАРАСА ШЕВЧЕНКА
Біологічний факультет


Кафедра цитології, гістології

та біології розвитку

Укладач(і)

Варенюк І.М.


АНАЛІТИЧНА І КІЛЬКІСНА ЦИТОЛОГІЯ
ПРОГРАМА КУРСУ
для студентів магістрів І року навчання

спеціальності 7.070404 «біологія»

освітньо-професійного рівня магістра 8.070402


Затверджено

на засіданні кафедри



Протокол № ___

від „___”___________200__р.

Зав. кафедри
_____________ Дзержинський М.Е.

Декан факультету


_____________ Остапченко Л.І.

КИЇВ – 2009
Програма курсу

«Аналітична і кількісна цитологія»



Укладач(і)

к.б.н., доц. Варенюк Ігор Миколайович



Лектор(и): к.б.н., доц. Варенюк І.М..

Науковий ступінь, вчене звання, прізвище та ініціали
Викладач(і):

Погоджено

з науково-методичною комісією

«____» ______________ 200__р.
___________________________

Голова НМК П..Я.Кілочицький



Предмет, завдання та методи аналітичної та кількісної цитології. Поняття цитологічного аналізу. Морфометрія. Типи цитологічних препаратів та специфічні вимоги до їхнього аналізу. Застосування кількісних цитологічних методів у різних галузях біологічної науки та медицини.

Планіметрія. Предмет та методи планіметрії. Правило редукції числа вимірів. Поняття гістологічного та математичного зрізів. Параметри клітин, які можна аналізувати за допомогою планіметрії. Кількість цитологічних об’єктів. Лінійні розміри цитологічних об’єктів. Визначення довжини неправильної лінії (наприклад, розміри мембран). Площа перерізу цитологічних об’єктів. Фактор форми.

Стереологія. Предмет та методи стереології. Проблеми стереології. Параметри клітин, які можна аналізувати за допомогою стереології. Визначення питомого та абсолютного об’ємів. Об’ємні співвідношення. Вимірювання площі поверхні на одиницю об’єму та абсолютної площі поверхні. Вимірювання питомої та абсолютної довжини. Визначення питомої та абсолютної кількості мікроструктур.

Статистичні методи в цитології. Базові поняття статистичного аналізу. Генеральна сукупність і виборка. Варіаційний ряд і варіаційна крива. Нормальний розподіл Гауса, розподіл Пуасона, рівномірний розподіл. Статистичні порівняння. Параметричні та непараметричні критерії достовірності. Кореляційний аналіз. Застосування пакетів прикладних програм до аналізу цитологічних об’єктів на прикладі пакетів Statistica (Windows) та Microsoft Excel (Windows).

Тривимірна реконструкція та конфокальна скануюча мікроскопія. Поняття та етапи 3-вимірної реконструкції цитологічних об’єктів. Графічні методи 3 вимірної реконструкції. Пластичні методи 3 вимірної реконструкції. Комп’ютерні апаратні засоби та програмне забезпечення. Тривимірна квантифікація серійних зрізів.

Конфокальна скануюча мікроскопія – метод отримання “оптичних” зрізів. Принцип роботи лазерного конфокального мікроскопа. Специфіка обробки матеріалу для аналізу. Можливості та обмеження методу.



Аналіз зображень. Поняття аналізу зображення. Етапи аналізу зображення. Реєстрація зображення, їх перетворення у цифрову форму. Графічне та кольорове розділення. Комп’ютерні операції над зображеннями: обробка, аналіз, реставрація та реконструкція зображень. Операції з індивідуальними пікселами та з групами пікселів. Сегментація зображення, її основні методи. Виділення об’єкту аналізу. Проведення вимірів. Параметри цитологічних об’єктів, що визначаються системами аналізу зображень. Системи кодування інформації у графічних файлах: кодування з втратою або без втрати якості. Сучасні прикладні пакети для аналізу зображень.

Комп’ютерні моделі. Поняття моделі та її алгоритму. Етапи моделювання: відокремлення головних факторів, розробка алгоритму, створення комп’ютерної програми, проведення обчислювального експерименту. Застосування комп’ютерного моделювання у стереології.

Практичні застосування методів аналітичної та кількісної цитології. Статична та проточна цитометрія. Системи цитологічного скринінгу. Молекулярні маркери у діагностичній патології. Аналіз проліферативної активності клітинних популяцій.
СПИСОК ЛІТЕРАТУРИ

  1. Дзержинський М.Е., Варенюк І.М.. Навчальний посібник для лабораторних занять з великого морфометричного спецпрактикума для студентів кафедри цитології, гістології та біології розвитку.– Київ: Фітосоціоцентр, 2006.

  2. Автандилов Г.Г. Медицинская морфометрия.– Москва: Медицина, 1990.

  3. Болл Р.М., Коннел Дж.Х., Панканти Ш., Ратха Н.К., Сеньор Э.У. Руководство по биометрии / Н.Е. Агапова (пер.с англ.).– Москва: Техносфера, 2007.

  4. Гланц С. Медико-биологическая статистика.– Москва: Практика, 1999.

  5. Горошко М.П., Миклуш С.І., Хомюк П.Г. Біометрія.– Львів: Камула, 2004.

  6. Кохановский В.П. Философия и методология науки.– Москва: АСТ, 1999.

  7. Кравченко А.Г., Бірюков В.С. Медична статистика.– Одеса: Астропринт, 2008.

  8. Лакин Г.Ф. Биометрия.– Москва: Высшая школа, 1990.

  9. Лапач С.Н., Чубенко А.В., Бабич П.Н. Статистические методы в медико- биологических исследованиях с использованием Excel.– Киев: Морион, 2001.

  10. Методичні вказівки до оформлення курсових та дипломних робіт.– Київ: Видавництво «Київський університет», 2002.

  11. Наринян А.Р., Поздеев В.А. Основы научных исследований.– Киев: Изд-во Европейского ун-та, 2002.

  12. Плохинский Н.А. Математические методы в биологии.– Москва: Издательство МГУ, 1978.

  13. Сидякин В.Г. Основы научных исследований. Биология.– Киев: Вища школа, 1987.

  14. Туркевич Н.Г. Реконструкция микроскопических объектов по гистологическим срезам.– Москва: Медицина, 1967.

  15. Цифровая обработка телевизионных и компьютерных изображений. / Под ред. Зубарева Ю.Б., Дворковича В.П.– Москва: Межд. Центр н.-т. информации, 1997.

  16. Confocal microscopy Leica TCS SP 5. User Manual.– Mannheim, 2005.

  17. Insight into Images: Principles and Practice for Segmentation, Registration, and Image Analysis. / Yoo T.S. (ed.).– Wellesey: AK Peters Ltd., 2004.

  18. Timothy С. Ultrasonic Three-Dimensional Reconstruction: In Vitro and In VivoVolume and Area Measurement., 1994.

  19. Wiegand R. Confocal and Advanced Light Microscopy Facility. Leica SP5C Spectral Confocal Laser Scanning Microscope.– Edinburgh, 2008.

  20. Автандилов Г.Г., Невзоров В.П., Невзорова О.Ф. Системный стереометрический анализ ультраструктур клеток.– Кишинев: Штиинца, 1984.

  21. Атраментова Л.О., Утєвська О.М. Біометрія.– Харків: Ранок, 2007.– у 2 х томах.

  22. Бейтс Р., Мак-Доннелл М. Восстановление и реконструкция изображений.– Москва: Мир, 1989.

  23. Боровиков В.П. Statistica: искусство анализа данных на компьютере.– Санкт-Петербург: Питер, 2004.

  24. Бутаков Е.А., Островский В.И., Фадеев И.Л. Обработка изображений на ЭВМ.– Москва: Радио и связь, 1987.

  25. Василенко Г.И., Тараторкин А.М. Восстановление изображений.– Москва: Радио и связь, 1986.

  26. Вознюк С.В., Гончаров С.М., Ковалев С.В. Основы научных исследований.– Киев, 1985.

  27. Грушко И.М., Сиденко В.В. Основы научных исследований.– Харьков, 1983.

  28. Гуцол А.А., Кондратьев Б.Ю. Практическая морфометрия органов и тканей.– Томск, 1988.

  29. Иванов В.П., Батраков В.С. Трехмерная компьютерная графика.– Москва: Радио и связь, 1995.

  30. Ирьянов Ю.М., Силантьева Т.А., Горбач Е.Н. и др. Применение компьютерных программ для анализа изображений в морфологических исследованиях // Информационные технологии и кибернетика на службе здравоохранения: Сб. докл. Междун. науч.-практ. конф.– Днепропетровск, 2003.– С. 55-58.

  31. Климовицкий В.Г., Колодежный А.В., Вертыло Н.А. Применение математической статистики в медико-биологических исследованиях.– Донецк: Донеччина, 2004.

  32. Лисов А.А., Домницкий А.В., Домницкий М.В. Трехмерная реконструкция сложных биосистем с аномалией строения // Современные наукоемкие технологии.– 2006.– № 5.– С. 12-16.

  33. Максимов В.М. Основы научных исследований.– Воронеж, 2001.

  34. Матекин П.В. История и методология биологии: Развитие фундам. концепций в биологии. Курс лекций.– Москва: Изд-во МГУ, 1982.

  35. Никифоров А.Л. Философия науки: история и методология.– Москва: Дом интеллектуальной книги, 1998.

  36. Обработка изображений и цифровая фильтрация. / Под ред. Хуанга Т.– Москва: Мир, 1979.

  37. Патров В.С., Недвига М.М., Павлів Б.А., Халак В.І. Основи варіаційної статистики. Біометрія.– Д.: Січ, 2000.

  38. Погорелов А.Г., Кантор Г.М., Карнаухов А.В., Сахарова Н.Ю., Чайлахян Л.М. Использование оптической микроскопии для трехмерной реконструкции эмбрионов // ДАН.– 2004.– Т. 395, № 3.– C. 566-568.

  39. Приседський Ю.Г. Статистична обробка результатів біологічних експериментів.– Донецьк: ДонДУ, 1999.

  40. Прэтт У. Цифровая обработка изображений.– Москва: Мир, 1982.– в 2 х томах.

  41. Салтыков С.А. Стереометрическая металлография.– Москва: Металлургия, 1970.

  42. Сафонов А.А. Основы научных исследований. Учебное методическое пособие.– Владивосток: Изд-во ВГУЭС, 2000.

  43. Степанов К.А., Охлопков Г.Н. Практическая биометрия с компьютерными программами.– Якутск: Изд во Якутского ун та, 2001.

  44. Ташкэ К. Введение в количественную цито-гистологическую морфологию.– Бухарест, 1980.

  45. Философия и методология науки / Под ред. В.И. Купцова.– Москва: Аспект-пресс, 1996.

  46. Черток В.М., Афанасьев А.А., Коцюба А.Е. Применение автоматизированной системы анализа изображений Allegro-MC для морфометрических исследований // Морфология.– 2003.– Т. 124, № 4.– С. 88-93.

  47. Швець Є.Я., Сидоренко М.Г., Червоний І.Ф. Біометрія.– Запоріжжя: Видавництво ЗДІА, 2004.– у 2 х частинах.

  48. Шебаніна О. В., Карамаренко С. С., Ганганов В. М. Методи непараметричної статистики.– Миколаїв, 2008.

  49. Ярославский Л.П. Введение в цифровую обработку изображений.– Москва: Сов. радио, 1979.

  50. Ярославский Л.П. Цифровая обработка сигналов в оптике и голографии.– Москва: Сов. радио, 1987.

  51. Sowter С. Image analysis. Practice and Principles.­– Joyce-Loebl, 1985.


База даних захищена авторським правом ©lecture.in.ua 2016
звернутися до адміністрації

    Головна сторінка